Het Waddenfonds is een gemeenschappelijke regeling van de Waddenprovincies Fryslân, Groningen en Noord-Holland. Het fonds investeert in initiatieven en projecten die de ecologie en duurzame economische ontwikkeling van het Waddengebied versterken. Het Waddenfonds levert een financiele bijdrage aan diverse projecten van De Nieuwe Afsluitdijk, zoals het Afsluitdijk Wadden Center, de Vismigratierivier, de Ontwikkeling van het Monument, en Stromingsenergie.